วัดหนองแขมสร้างขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2413 มูลเหตุการสร้างวัด คือ พระวินัยธร เจ้าอาวาสวัดเชิงเลน จังหวัดนครปฐม ได้ปรารภถึงเหตุที่พวกญาติของท่านได้อพยพจากหมู่บ้านหัวย่านมาอยู่แถบถิ่นหนองแขมหลายครัวเรือน ท่านจึงได้สร้างวัดขึ้นเพื่อเป็นอนุสาวรีย์ สำหรับบรรจุอัฐิธาตุของบุพการี เมื่อสร้างวัดเสร็จ ขนานนามวัดว่า "วัดหนองแขม"[1] เนื่องจากมีหนองน้ำปกคลุมด้วยต้นแขมอยู่ใกล้วัด และต่อมากลายเป็นชื่อตำบลหนองแขม